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1. HE染色：
材料：石蠟切片
染料：蘇木精染液為堿性，主要使細胞核內(nèi)的染色質(zhì)與胞質(zhì)內(nèi)的核糖體著紫藍色；伊紅為酸性染料，主要使細胞質(zhì)和細胞外基質(zhì)中的成分著紅色。
應(yīng)用：一般的組織變化和組織產(chǎn)物都可以通過這一染色法顯示出來，是形態(tài)學最常用的染色方法。
結(jié)果：細胞核被蘇木精染成鮮明的藍色，軟骨基質(zhì)、鈣鹽顆粒呈深藍色，粘液呈灰藍色。細胞漿被伊紅染成深淺不同的粉紅色至桃紅色，胞漿內(nèi)嗜酸性顆粒呈反光強的鮮紅色。膠原纖維呈淡粉紅色，彈力纖維呈亮粉紅色，紅血球呈橘紅色，蛋白性液體呈粉紅色。
2. 甲苯胺藍染色：
材料：石蠟切片，細胞爬片
染料：甲苯胺藍，人工合成的堿性染料，組織細胞中酸性物質(zhì)與其中陽離子相結(jié)合而被染色
應(yīng)用：尖銳濕疣的初篩及肥大細胞的檢測，細胞內(nèi)酸性黏液多糖染色，神經(jīng)細胞尼氏小體染色
結(jié)果：可染細胞核呈藍色，肥大細胞胞質(zhì)內(nèi)肝素和組織胺等異色性物質(zhì)可呈易染性紫紅色，軟骨、成骨細胞呈紫紅色，酸性黏多糖呈紅色，尼氏小體呈深藍色。
3. 天狼星紅苦味酸染色
材料：4%甲醛固定組織石蠟切片
染料：天狼星紅-飽和苦味酸液
應(yīng)用：利用膠原蛋白聚合及其纏繞螺旋排列不同的特點，該染色法可在偏振光顯微鏡下，根據(jù)雙折光性和著色的不同，分別顯示出四型膠原纖維。
結(jié)果：普通光鏡：膠原纖維呈紅色，細胞核呈綠色，其他成分呈黃色。
偏振光顯微鏡：Ⅰ型膠原纖維：紅色或黃色，排列緊密，具強雙折光性；
Ⅱ型膠原纖維：多種色彩，疏松網(wǎng)狀、弱雙折光性；
Ⅲ型膠原纖維：綠色，細纖維、弱雙折光性；
Ⅳ型膠原纖維：淡黃色、弱雙折光性。
4. TUNEL染色
材料：石蠟包埋、冰凍和超薄切片，細胞
染料：熒光素標記的dUTP在脫氧核糖核苷酸末端轉(zhuǎn)移酶（TdT酶）的作用下，可以連接到凋亡細胞中斷裂DNA的3’-OH末端，并與連接辣根過氧化物酶（HRP）的熒光素抗體特異性結(jié)合，后者又與HRP底物二氨基聯(lián)苯胺（DAB）反應(yīng)產(chǎn)生很強的顏色反應(yīng)。
應(yīng)用與結(jié)果：單細胞水平上的凋亡原位檢測，抗腫瘤藥的藥效評價及通過雙色法確定細胞死亡類型和分化階段。凋亡細胞核染色呈深棕色，正常或正在增殖細胞不被染色。
5. 免疫染色
包括免疫組織化學（IHC）/免疫細胞化學（ICC）和免疫熒光（IF），均是通過可視化抗原抗體結(jié)合反應(yīng)，對組織細胞內(nèi)抗原（多肽和蛋白質(zhì)）定性、定位和相對定量的研究。IHC和ICC使用的顯色劑多為酶，即化學顯色；IF使用的顯色劑多為熒光素，即熒光顯色。
材料：細胞、冰凍切片、石蠟切片
應(yīng)用與結(jié)果：惡性腫瘤的診斷與鑒別診斷，轉(zhuǎn)移性惡性腫瘤的原發(fā)部位確認，腫瘤的病理分型，微小轉(zhuǎn)移灶確認，陽性產(chǎn)物定位、相對定量，細胞凋亡檢測。